После окончания углубления дна озёр и работ по рекультивации территории, парк перейдёт в ведомство министерства сельского хозяйства, которое и продолжит развитие, благоустройство и охрану «Птичьей гавани».
Проект углубления дна был разработан ещё в 2007 году, на проведение этих работ выделили 46,1 млн руб. из федерального бюджета. К настоящему моменту они почти все освоены. Деньги пошли на строительство насосной станции на Иртыше, которая постоянно подаёт воду в озёра. Также были проведены дноуглубительные и очистительные работы на территории парка, сформирован обводной канал, ограждающий заповедную зону «абсолютного покоя» - именно в ней будут осуществляться научные исследования и проводиться экологические мониторинги.
Оставшиеся средства пойдут на рекультивацию карты намыва - территории, куда поступал грунт со дна озёр. Обе карты намыва, расположенные в парке, по мере высыхания грунта превращаются в ровные площадки, которые можно использовать для следующих проектов. Например, именно на них можно разместить детский досуговый комплекс «Птичья гавань», строительство которого, согласно генеральному плану, начнётся в 2012 г.
Как утверждают сотрудники министерства, если бы все эти мероприятия не были проведены, то лет через 10-15 на месте «Птичьей гавани» осталось бы лишь неглубокое болото. К моменту начала гидротехнических работ озёра так обмелели и засорились, что невозможно было начать дноуглубительные работы: техника просто не могла проникнуть на территорию. Специалисты умышленно углубляли дно прорезями, чтобы сохранить кормовую базу для уток, которые не смогут нырять за едой слишком глубоко. В результате работ в озёрах, соединённых между собой, были созданы условия для зимовки птиц. Теперь Омской области удастся сохранить «Птичью гавань» в качестве уникального памятника - единственного в России природного парка в черте города.